Shinji Ikari bị hôn mê sau cái chết của một người bạn thân. Với việc con trai mình không thể điều khiển robot hình người Evangelion Unit-01, NERV của Gendou Ikari chạy đua với tổ chức bóng tối SEELE để xem ai có thể ban hành kế hoạch cuối cùng của họ trước.